Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD): Metode Pengujian Polimorfisme DNA

Table of Contents

 

Sumber: Research Gate

INFOLABMED.COM - Perkembangan metode di bidang biologi molekuler berkembang begitu pesat, termasuk metode analisis polimorfisme DNA.

Salah satu jenis teknik pengujian polimorfisme DNA yaitu metode RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA).

Metode RAPD merupakan metode analisis molekuler yang digunakan untuk mengidentifikasi polimorfisme DNA pada genom secara cepat dan efisien.

Hal ini dikarenakan suatu organisme memiliki perbedaan pada tingkat DNA dalam hal urutan nukleotida, sehingga variasi urutan nukleutida atau polimorfisme tersebut dapat dianalisis melalui pengujian menggunakan metode RAPD.

Metode RAPD ini digunakan dalam studi keanekaragaman genetik, hubungan kekerabatan, peta genetik, dan sidik jari DNA. Di mana analisis sidik jari sering dilakukan di bidang paternity dan forensik.

Metode ini umumnya digunakan untuk mendeteksi polimorfisme DNA yang digunakan sebagai genetic marker dan menentukan hubungan kekerabatan pada bermacam-macam tanaman dan serangga hama.

Metode RAPD menggunakan oligonukleotida pendek (primer tunggal) yang berukuran sekitar 9-12 base pair (bp). Primer tunggal tersebut kemudian berikatan dengan bagian komplemennya.

Primer tunggal akan menginisiasi proses amplifikasi secara acak (random) daerah-daerah genom urutan DNA tertentu untuk amplifikasi dan biasanya ditemukan dalam kisaran ukuran DNA 0,1 dan 3 kb.

Amplifikasi dilakukan secara acak menggunakan primer tunggal. Amplifikasi DNA dengan PCR dilakukan pada suhu anealing yang rendah yang memungkinkan primer menempel pada beberapa lokus pada DNA.

Primer tersebut akan menempel pada daerah penempelan primer yang tersebar acak pada daerah di sepanjang DNA genom.

Potongan DNA dari proses amplifikasi juga berjalan acak sesuai dengan kecocokan basa nukleotida dengan DNA template (DNA cetakan). Polimorfisme di daerah tersebut menghasilkan perbedaan amplifikasi.

Welsh dan Mc Clelland (1990) menyatakan bahwa larik DNA yang dihasilkan dapat digunakan sebagai penanda molekul karena pola yang dihasilkan memiliki karakteristik tertentu.

Pilihan awal primer merupakan variabel utama untuk menentukan apa dan berapa banyak variasi genetik yang diidentifikasi.

Produk amplifikasi yang dihasilkan dapat dipisahkan menurut ukurannya secara elektroforesis pada gel agarosa dan divisualisasi melalui pewarnaan dengan etidium bromide.

Pita-pita DNA hasil elektroforesis dapat diamati mulai dari 100 bp - 3000 bp. Di mana pita yang muncul menunjukkan ketebalan yang bervariasi.

Kelebihan metode RAPD yaitu metode yang relatif sederhana dan lebih murah.

Adapun beberapa kelemahan metode RAPD yaitu karena protokol amplifikasi yang dirancang dengan sangat hati-hati diperlukan agar sampel dapat direproduksi.

Selain itu, cetakan DNA yang digunakan harus dimurnikan dengan baik. Hal ini dikarenakan sampel yang terkontaminasi dapat menghambat reaksi PCR.

 

Sumber:

Evita Anggereini. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Suatu Metode Analisis DNA Dalam Menjelaskan Berbagai Fenomena Biologi. Biospecies Volume 1 No 2, Juni 2008 hllm 73 - 76

Muhammad Rifqi Hariri, dkk. 2021. Metode Biologi Molekuler. WIDINA BHAKTI PERSADA BANDUNG. ISSBN 978-623-6457-01-6.

Subandiyah, S. 2006. Polymerase Chain Reaction untuk Deteksi atau Identifikasi Patogen Tumbuhan. Beberapa Metode Ekstraksi DNA. Pelatihan dan Workshop Identifikasi DNAdengan Aplikasi PCR. Malang. hlm. 43-50.

Surajit Das dan Hirak Ranjan Dash. 2019. Microbial Diversity in the Genomic Era. Academic Press. ISSBN 978-0-12-814849-5. 

Ikuti berita terkini dengan mengikuti kami di Google News atau klik tautan ini Google News INFOLABMED.