Tentang Denaturasi DNA: Memahami Metode Teratas untuk Analisis Genetik

Table of Contents

 

Foto :Gbiosainsces

INFOLABMED.COM - Denaturasi DNA adalah proses pemecahan molekul DNA, umumnya untuk perbandingan atau sekuensing. 

Seperti banyak teknik laboratorium lainnya, ada berbagai cara untuk melakukan denaturasi DNA -- dan masing-masing dari mereka cenderung lebih baik untuk aplikasi tertentu. 

Tiga metode teratas denaturasi DNA adalah panas, perlakuan NaOH, dan garam. 

Setiap metode ini akan memutuskan ikatan antar untai, tetapi mungkin melakukannya dengan tingkat akurasi yang lebih tinggi atau gangguan yang lebih sedikit.

Denaturasi DNA melalui Panas

DNA dapat denaturasi melalui panas dalam proses yang sangat mirip dengan pelelehan. Panas diterapkan sampai DNA membuka diri dan terpisah menjadi dua untai tunggal.

 Setelah untai terpisah, DNA kemudian didinginkan kembali ke suhu stabil. Proses pendinginan memungkinkan molekul terbentuk dalam campuran DNA, yang kemudian menghasilkan urutan tertentu yang dapat dilihat sebagai penanda.

 Denaturasi panas sering digunakan saat membandingkan perbedaan antara spesies. Meskipun pelelehan DNA adalah proses yang cukup sederhana dan langsung, ini umumnya tidak digunakan ketika akurasi diperlukan. 

Denaturasi DNA dengan panas dianggap kurang akurat daripada sekuensing DNA dan digunakan untuk aplikasi cakupan yang lebih luas.

 Jenis denaturasi ini juga dapat digunakan dalam reaksi rantai polimerase.

Denaturasi DNA melalui Perlakuan NaOH

Selain pemanasan, denaturasi kimia juga dapat dicapai melalui penggunaan NaOH. Sejumlah konsentrasi NaOH tertentu dapat digunakan untuk men-denaturasi DNA dengan aman, seringkali dalam waktu satu menit.

 Saat konsentrasi NaOH yang digunakan dikurangi, prosesnya akan memakan waktu lebih lama -- tetapi DNA masih dapat sepenuhnya terdenaturasi.

 NaOH telah terbukti menjadi salah satu metode denaturasi yang paling efektif dan dapat diandalkan. Bahan kimia lain, seperti formamida, tidak mampu men-denaturasi DNA dengan cepat atau sehandal NaOH.

 Karena NaOH dapat digunakan pada berbagai konsentrasi, ini juga dapat dengan mudah di-skala.

 Selain itu, DNA yang terdenaturasi dengan NaOH dapat dikenaturasi kembali melalui penggunaan buffer fosfat. 

DNA yang terdenaturasi melalui bahan kimia lain, seperti DMSO, tidak dapat sepenuhnya dikenaturasi kembali dengan cara ini -- dan hal ini membuat NaOH cocok untuk lebih banyak aplikasi.

Denaturasi DNA melalui Garam

Konsentrasi garam yang tinggi akan menyebabkan DNA secara alami terdenaturasi, dengan syarat konsentrasi garam yang tepat. 

Denaturasi DNA dengan garam mirip dengan denaturasi melalui penggunaan pelarut organik. Secara umum, denaturasi DNA melalui garam tidak dapat dikenaturasi kembali.

 Garam sering digunakan bersamaan dengan asam untuk denaturasi penuh DNA, dan juga dapat digunakan bersamaan dengan panas. 

Garam biasanya tidak digunakan sebagai satu-satunya proses denaturasi -- biasanya digunakan bersama bahan kimia lain seperti isopropanol dan etanol. 

Proses ini dapat digunakan pada volume DNA yang lebih besar, yang membuatnya kurang berguna untuk pekerjaan yang sangat akurat dan spesifik, tetapi lebih berguna untuk meningkatkan skala dan memproses DNA dalam jumlah yang lebih besar.

Meskipun ada banyak teknik yang terkait dengan denaturasi DNA, hasil akhirnya sama: ikatan antar untai diputus dan molekul baru terbentuk, yang kemudian dapat dibandingkan sesuai keinginan. 

Proses ideal denaturasi DNA tergantung pada apa yang DNA perlukan untuk digunakan, seberapa akurat dan spesifik perbandingan yang dibutuhkan, dan volume materi yang harus diproses.

 Secara umum, denaturasi dengan panas dan garam dapat dengan mudah di-skala dan digunakan dengan jumlah yang lebih besar, sementara denaturasi NaOH mungkin sedikit lebih akurat dan berguna dalam jumlah yang lebih kecil.***